Organe de décision du Département, le Conseil Général est constitué d'autant de conseillers généraux qu'il y a de cantons dans le département.

Elus pour 6 ans au suffrage universel direct, lors des élections cantonales, les 31 Conseillers Généraux que compte les Pyrénées-Orientales forment l'Assemblée délibérante du Département.

Cette assemblée est renouvelable par moitié tous les 3 ans. A chaque renouvellement, l'assemblée élit le Président du Conseil Général.

Le Président est l'exécutif du Département. Elu par les membres du Conseil Général, pour trois ans, il propose les grandes orientations de la politique du Département, préside les réunions de l'Assemblée départementale et met en oeuvre les décisions de l'Assemblée. Il est secondé par des Vice-Présidents.

Le Conseiller Général représente à la fois un territoire dont il est élu mais aussi la population qui vit sur ce territoire, le canton.  Il contribue à l'élaboration des politiques départementales. Souvent, il se spécialise dans un domaine : éducation, finances, environnement... Il vote le budget du département. Elu de proximité, il travaille en collaboration avec les élus locaux et entretient des relations étroites avec les milieux associatifs, économiques, les organisations socio-professionnelles et les habitants de son canton.

La Commission permanente émane de l'Assemblée départementale qui en élit les membres, la Commission permanente gère les affaires courantes. Elle se réunit une fois par mois pour assurer la continuité des décisions du Conseil Général entre chaque séance plénière. Elle prend ces décisions par délégation du Conseil Général en particulier dans le domaine de la répartition des crédits inscrits au budget.

Les commissions spécialisées traitent des compétences du Conseil Général. Elles assurent le travail préparatoire aux orientations et décisions prises par l'Assemblée.